중복세무조사 뒤 통고처분 벌금 반환, 대법원 2026년 판결과 5년 시효

통고처분이란: 벌금을 내면 형사 절차가 끝나지만 다툴 길이 없던 처분

통고처분은 조세범칙조사를 마친 지방국세청장이나 세무서장이 형사재판 대신 벌금 상당액 등을 납부하도록 통고하고 그 이행으로 사건을 끝내는 처분이다. 조세범 처벌절차법 제13조(조세범칙처분의 종류)는 조세범칙사건의 처분을 통고처분·고발·무혐의 셋으로 정하고, 조세범 처벌절차법 제15조(통고처분) 제1항은 조세범칙행위의 확증을 얻었을 때 그 이유를 구체적으로 밝히고 벌금상당액·몰수 물품·추징금 상당액을 납부할 것을 통고하도록 한다. 통고대로 이행하면 같은 조 제3항에 따라 동일한 사건으로 다시 조세범칙조사를 받거나 처벌받지 않는다.

이행하지 않으면 고발이다. 조세범 처벌절차법 제17조(고발) 제2항은 통고서를 송달받은 날부터 15일 이내에 이행하지 않으면 고발하도록 하되, 15일이 지났더라도 고발 전에 이행하면 고발하지 않는다. 제1항은 징역형에 처할 정상이거나 납부 능력이 없는 경우 등에는 통고처분을 거치지 않고 즉시 고발하도록 한다. 한편 통고가 있으면 조세범 처벌절차법 제16조(공소시효의 정지)에 따라 통고일부터 고발일까지 공소시효가 정지되고, 범칙행위의 공소시효는 조세범 처벌법 제22조(공소시효 기간)에 따라 7년이다. 벌금상당액의 기준은 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등)의 법정형이다. 제1항은 2년 이하의 징역 또는 포탈세액의 2배 이하 벌금을 정한다. 포탈세액이 5억원 이상이거나 3억원 이상이면서 납부할 세액의 30% 이상이면 3년 이하의 징역 또는 3배 이하 벌금으로 올리며, 제3항은 2년 이내 수정신고나 6개월 이내 기한 후 신고가 있으면 형을 감경할 수 있게 한다.

문제는 이 처분에 정식 불복 절차가 없다는 점이다. 국세기본법 제55조(불복) 제1항 단서 제1호는 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분을 이의신청·심사청구·심판청구의 대상에서 제외하고, 헌법재판소 1998. 5. 28. 선고 96헌바4 결정은 통고처분이 임의 승복으로 효력이 생기는 것이어서 처분성이 없고 이행하지 않으면 형사재판에서 다툴 수 있다는 이유로 이 배제를 합헌으로 보았다. 그래서 지금까지의 답은 「내지 말고 형사재판에서 주장하라」 하나였고, 이미 낸 사람에게는 그 길이 닫혀 있었다.

중복세무조사 금지: 같은 세목·같은 과세기간의 재조사는 7가지 사유 밖이면 위법

중복세무조사 금지는 세무공무원이 같은 세목과 같은 과세기간에 대해 법이 정한 사유가 없는 한 다시 조사할 수 없다는 국세기본법 제81조의4 제2항의 원칙이다. 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) 제1항은 세무조사를 필요한 최소한의 범위에서 하고 다른 목적으로 조사권을 남용하지 못하게 하면서, 이 조에서 말하는 세무조사에 조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사가 포함된다고 명시한다. 제2항은 재조사가 허용되는 사유를 일곱으로 한정해 열거한다.

이 사유 밖의 재조사는 그 자체로 위법하고, 위법한 재조사에 기초한 과세처분은 그 사실만으로 취소된다. 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결은 재조사로 얻은 자료를 과세 근거로 삼지 않았거나 그 자료를 빼고도 같은 과세처분이 가능한 경우라도 달리 볼 것이 아니라고 하여, 중복세무조사 금지 원칙 위반을 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자로 규정했다.

재조사인지 여부는 두 조사의 세목과 과세기간을 겹쳐 보면 드러난다. 국세기본법 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) 제1항은 조사 시작 20일 전에 세목·조사기간·조사 사유를 사전통지하도록 하고 재조사 결정에 따른 재조사는 7일 전으로 정하므로, 사전통지서의 「조사 사유」 칸이 제81조의4 제2항의 어느 호를 든 것인지가 분쟁의 출발점이다. 범칙조사로 전환하면서 조사대상이 이미 조사가 끝난 연도까지 넓어졌다면, 그 확대 부분이 바로 재조사다.

대법원 2026년 판결: 범칙조사에도 적용되고, 낸 벌금은 부당이득이 된다

대법원은 중복세무조사 금지 원칙이 조세범칙조사에도 적용되고 그 위반 위에서 이루어진 통고처분은 효력이 부정되며 납부한 벌금 상당액은 부당이득이 된다고 판단했다. 대법원 2026. 4. 30. 선고 2025다210837 판결이고, 사건의 경과는 세무조사가 두 번 나온 회사라면 그대로 겹쳐 볼 수 있다. 판결이 적용한 조문은 2018. 12. 31. 개정 전 구 국세기본법 제81조의4 제2항이지만, 재조사 금지 구조는 현행 조문(법률 제21860호)과 같다.

• 1차 법인세 통합조사와 과세

  지방국세청이 2014년 10월부터 11월까지 2011년~2013년 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고 그에 따른 과세처분을 했다.

• 2차 조사, 범칙조사 전환과 범위 확대

  2018년 1월 2014년~2016년 사업연도 통합조사를 시작한 뒤 같은 달 조세범칙조사로 전환하고 조사대상을 2010년~2016년으로 넓혔다. 이미 조사가 끝난 2011년~2013년이 다시 들어왔다.

• 통고처분과 납부

  2018년 5월 회사와 대표이사에게 2013년~2016년 범칙행위에 관해 각 3억 148만여 원의 벌금 상당액을 통고했고, 두 사람은 6월에 전액을 납부했다.

• 조세심판원의 일부 취소

  2019년 7월 조세심판원은 2011년~2013년 사업연도의 법인세·부가가치세 부과처분을 중복세무조사 금지 원칙 위반을 이유로 취소했다.

• 부당이득반환 소송과 대법원

  회사와 대표이사는 취소된 2013년 부분에 상응하는 벌금 상당액 3억 1,595만여 원의 반환을 국가에 청구했고, 대법원이 국가의 상고를 기각했다.

판결은 과세요건이 갖추어지지 않으면 조세채무가 성립하지 않고 조세포탈죄도 성립할 여지가 없으며, 과세관청이 다른 사유로 당초 부과처분을 취소한 경우에도 마찬가지라고 했다. 통고처분의 근거가 된 과세처분이 취소됐다면 벌금 상당액의 근거가 사라진다는 뜻이고, 반환 청구는 그 취소 결정문에서 시작한다.

돌려받는 절차: 국가를 상대로 한 민사소송과 5년 시효

돌려받는 방법은 국가를 상대로 부당이득반환을 구하는 민사소송이고, 통고처분의 효력은 그 소송 안에서 선결문제로 판단된다. 근거는 민법 제741조(부당이득의 내용)이고, 피고는 대한민국이다. 통고처분은 심판청구·행정소송의 대상이 아니므로 행정 불복을 먼저 거칠 필요도, 거칠 방법도 없다. 다만 과세처분에 관한 심판청구나 행정소송에서 중복세무조사 금지 원칙 위반이 취소 사유로 확인돼 있으면 민사소송의 증명이 그 결정문으로 대부분 끝나므로, 과세처분 불복을 먼저 마치고 민사소송을 내는 순서가 실무의 기본이다.

시효는 국가재정법 제96조(금전채권ㆍ채무의 소멸시효) 제2항이 정한 5년이다. 민법의 10년 대신 국가를 상대로 한 금전채권의 특칙이 적용되고, 기산점은 권리를 행사할 수 있는 때인 납부일로 보는 것이 일반적이다. 조세심판원과 행정법원을 거쳐 과세처분 취소를 받는 데 3년이 걸리는 일이 드물지 않으므로, 취소 결정 전이라도 납부일부터 5년이 가까워지면 민사소송을 먼저 내고 과세처분 사건의 결과를 기다리는 방식으로 시효를 막는다.

청구 금액은 위법한 재조사 부분에 상응하는 벌금 상당액이다. 대법원 사건에서도 통고된 벌금 전액이 아니라 취소된 2013년 부분에 해당하는 금액만 청구했고, 그 산정은 통고서의 연도별 포탈세액과 시행령 별표의 부과기준을 되짚어 한다. 하급심에는 대법원 판결 이전에도 반환을 인정한 판결이 있었다. 인천지방법원 2012. 9. 5. 선고 2011가단95891 판결과 부산지방법원 2016. 12. 29. 선고 2016가합45536 판결이 그것이고, 통고처분의 근거 사실이 없어진 경우와 통고서 자체에 흠이 있는 경우 두 갈래를 보여 준다.

화온이 이 유형의 사건에서 먼저 하는 일은 두 조사의 세목·과세기간 대조표를 만드는 것이다. 겹치는 구간이 없으면 중복세무조사 논거는 쓸 수 없고, 겹치더라도 사전통지서가 든 사유가 7가지 중 하나에 들어맞으면 논거가 약해진다. 그 표가 완성되기 전에는 청구 가능 금액을 말하지 않고, 과세처분 취소 결정문을 받기 전에 「위법한 조사였다」는 주장만으로 민사소송을 먼저 내지도 않는다. 민사법원이 선결문제로 판단할 수 있다는 것과 그 판단을 처음부터 민사법원에서 받아 내는 것은 다른 일이다. 김앤장 출신 대표변호사가 과세처분 불복과 민사소송의 순서를 설계하고, 국세청 출신 변호사가 범칙조사 전환과 통고처분 산정 내역을 읽으며, 검찰 20년의 고문변호사가 이행하지 않았을 때 이어질 고발과 형사재판을 본다.

통고서를 아직 이행하지 않았다면: 15일 안에 정할 것

통고서를 받고 아직 이행하지 않았다면 송달일부터 15일 안에 이행할지 고발을 받아 형사재판에서 조사의 위법을 주장할지를 정해야 한다. 형사재판에서는 조사의 위법과 포탈 사실 자체까지 주장할 수 있다. 다만 고발 뒤에는 벌금상당액 대신 조세범 처벌법 제3조의 법정형이 적용되므로, 조사의 위법이 문서로 뚜렷하고 포탈 사실도 부인할 여지가 있을 때 불이행이 사건 전체를 끝내는 길이 되고, 포탈 사실을 부인하기 어렵다면 이행으로 형사 절차를 닫고 위법 부분의 벌금 상당액만 반환 청구하는 편이 위험이 작다.

"범칙조사로 전환되는 순간 조사 범위가 넓어지는 경우가 많고, 넓어진 구간이 이전 조사와 겹치는지는 통지서 두 장을 나란히 놓으면 바로 보인다. 우리가 통고서를 받은 의뢰인에게 먼저 요구하는 자료는 통고서가 아니라 이전 조사의 사전통지서와 결과통지서다. 그 두 장이 없으면 재조사인지 판단할 수 없고, 판단하기 전에는 내라고도 내지 말라고도 하지 않는다."

곽서진 · 법무법인 화온 변호사 (前 국세청)

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