LEGAL GUIDE

관계 법인 간 매출 배분, 실질과세 원칙이 모든 것을 다시 묻는다

VERIFIED 사법시험 수석 합격 김앤장 법률사무소 출신 국세청 출신 · 조세·상속 담당 법무법인 화온 법률검토 완료 2026.05.20

법인이 둘 이상이고 그중 하나에 세금 감면이 적용된다. 두 법인의 주주·임원은 사실상 동일하다. 매출 일부가 감면 적용 법인으로 옮겨간다. 전체 세부담은 줄어든다. 처음에는 합리적 사업 구조처럼 보이지만, 이 단일 구조가 5개의 법리에 동시에 걸린다.

매출의 형식적 귀속과 실질적 귀속이 어긋나면 국세기본법 제14조 실질과세 원칙으로 매출이 재귀속된다. 거래 자체가 정상이 아니라면 법인세법 제52조 부당행위계산 부인이 결합된다. 감면 적용 법인의 매출이 실질적으로 본체 법인의 것이라면 조세특례제한법상 감면 자체가 부정된다. 매출 이전 과정에 가공거래·이중장부가 결합되면 조세범처벌법 제3조 조세포탈죄로 확장된다. 그리고 본체 법인 임원에게는 형법 제356조 업무상 배임이 별도로 문제된다.

본 가이드는 관계 법인 간 매출 배분 구조가 어떻게 단일 행정 사건이 아니라 다층 형사 책임으로 확장되는지, 그리고 그 확장을 막기 위한 통합 변론을 기업 대표·임원의 관점에서 정리한다.

한 줄 요약

관계 법인 간 매출 배분 구조의 적법성은 실질과세 원칙(국세기본법 제14조)이 결정한다. 매출의 사실상 귀속자가 감면 적용 법인이 아니라 본체 법인이면 매출은 재귀속되고, 감면은 부정되며, 부당행위계산 부인이 결합된다. 가공거래·이중장부가 더해지면 조세포탈로, 임원에게는 업무상 배임으로 확장된다. 변론의 핵심은 "매출이 실질적으로 어디에 귀속되는가"의 입증이다.

본 사례의 본질 — 단일 구조가 5개 법리에 동시에 걸리는 이유

관계 법인 간 매출 배분이라는 단일 구조는 5개 법리에 동시에 걸린다. 각 법리의 적용 영역, 위험, 변론 초점은 다음 결합도에 정리된다.

영역적용 법령위험변론 초점
실질과세 원칙국세기본법 제14조매출 재귀속 + 본세 추징사실상 사업 주체 입증
부당행위계산 부인법인세법 제52조추징 + 가산세거래의 경제적 합리성 입증
감면 부정 활용조세특례제한법 제7조감면세액 추징 + 이자상당액감면 요건의 실질 충족 입증
조세포탈죄조세범처벌법 제3조형사처벌 + 가중처벌부정한 행위 결합 부인
업무상 배임형법 제356조임원 개인 형사 책임선관주의의무 이행 입증

이 5개 영역은 각자 다른 절차로 진행되며 상호 영향을 미친다. 행정 영역(추징·가산세)에서 확정된 사실관계는 형사 영역(조세포탈·배임)에 사실상 출발점으로 작용한다. 따라서 본 사례는 단일 자문 영역이 아니라 행정·형사·기업 자문이 동시에 작동해야 하는 통합 영역이다. 5개 영역 중 어느 하나만 보고 변론을 설계하면 다른 영역에서 무너질 위험이 크다.

실질과세 원칙 — 매출이 어디에 귀속되는가의 결정적 답

본 사례의 결정적 법리는 국세기본법 제14조 실질과세 원칙이다. 매출 배분 구조의 적법성은 결국 "매출이 사실상 어디에 귀속되는가"의 한 질문으로 수렴된다.

국세기본법 제14조 · 실질과세 원칙

매출의 귀속은 명의가 아니라
사업의 실질이 결정한다

5개 법리 모두 이 한 질문에서 출발한다 — 매출이 사실상 어디에 귀속되는가

국세기본법 제14조는 세 가지 항으로 구성된다. 제1항은 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 한다. 제2항은 과세표준의 계산에 관한 규정을 거래의 명칭·형식이 아닌 실질 내용에 따라 적용한다. 제3항은 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위를 거치는 방법으로 세법 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되면 경제적 실질 내용에 따라 직접 거래로 본다.

본 사례에 가장 직접 적용되는 것은 제3항이다. 매출을 감면 적용 법인으로 우회하는 구조는 "둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 감면 혜택을 부당하게 받기 위한 것"에 해당할 수 있다. 이 경우 경제적 실질에 따라 매출이 본체 법인에 직접 귀속된 것으로 의제되어 과세된다.

대법원의 판단 기준은 일관된다. 대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결은 실질귀속 판단 시 명의사용의 경위, 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려해야 한다고 판시했다. 대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두128 판결은 재산귀속명의자가 이를 지배·관리할 능력이 없고 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 사람이 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세회피 목적에서 비롯된 경우에는 그 재산에 관한 소득은 재산을 실질적으로 지배·관리하는 사람에게 귀속된 것으로 본다고 판시했다.

가장 최근 판례인 대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37865 판결은 더 명확하다. 비합리적이고 실질과 괴리된 거래형식이 조세회피 목적을 위한 수단에 불과하면 그 실질에 따라 과세해야 한다. 가장행위에 해당하지 않더라도 실질과 괴리된 비합리적 형식의 조세회피행위라면 실질과세 원칙이 적용된다.

조세 감면의 적법성 경계 — 절세와 부정 활용 사이

조세특례제한법은 중소기업·창업기업·연구개발특구·자유무역지역 등 정책 목적의 감면 제도를 둔다. 제7조 중소기업 특별세액감면이 가장 대표적이며 업종과 규모, 사업장 위치에 따라 5~30% 감면을 적용한다. 본 가이드의 사례에서 감면 적용 법인이 본체 법인의 매출을 받는다는 것은 그 매출에 대해 정상 세율이 아니라 감면 세율이 적용된다는 의미다.

적법성의 경계는 단 한 가지다. 감면 적용 법인이 그 매출의 실질 사업 주체인가, 아니면 명의만 빌려준 도관에 불과한가. 이 질문은 실질과세 원칙의 적용 결과와 동일한 답으로 수렴된다.

실질 사업 주체 판단의 핵심 기준은 다음 다섯 가지다. 첫째 인적·물적 시설의 독립성. 감면 적용 법인이 자체 인력·사무공간·설비를 보유하고 있는가. 둘째 의사결정의 독립성. 거래·계약·자금 운용 의사결정이 독립적으로 이루어지는가. 셋째 자금 흐름의 독립성. 자금이 감면 적용 법인의 계좌에서 관리·운용되는가. 넷째 거래 상대방의 인식. 거래 상대방이 누구와 거래한다고 인식하고 있는가. 다섯째 사업 위험의 귀속. 손익·신용 위험이 어느 법인에 실질적으로 귀속되는가.

이 다섯 기준 중 다수가 본체 법인에 귀속된다면 감면 적용 법인은 도관으로 평가되어 감면이 부정된다. 부정 시 감면세액 추징과 이자상당액 가산이 이루어지며, 사후관리 기간 위반에 따른 별도 추징도 결합될 수 있다.

부당행위계산 부인의 결합 — 매출 이전이 걸리는 패턴

법인세법 시행령 제88조 제1항은 부당행위계산 9가지 유형을 열거한다. 매출 배분 구조에서 자주 적용되는 유형은 다음 세 가지다.

제3호 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우. 본체 법인이 거래처·계약·고객명단 등을 감면 적용 법인에 시가 미만 또는 무상으로 이전한 경우에 적용된다. 제8호 자본거래로 인한 이익 분여. 합병·분할·증자·감자 등 자본거래를 통해 감면 적용 법인에 이익을 분여한 경우다. 제9호 그 밖에 법인의 이익을 분여한 경우. 위 호수들에 명시되지 않은 다양한 형태의 이익 분여를 포괄한다.

부당행위계산 부인이 인정되려면 거래 상대방이 법인세법 시행령 제87조에 정의된 특수관계인이어야 한다. 임원 임면권 행사 등으로 사실상 영향력을 행사하는 자, 친족, 임원·사용인, 지분 1% 이상 출자자, 계열회사 등이 포함된다. 본 사례의 관계 법인 구조는 통상 이 범위에 포함된다.

거래의 부당성 판단 기준은 법인세법 시행령 제89조가 정한다. 제1항은 특수관계인 외의 불특정다수와의 거래 가격을 시가로 보고, 제2항은 시가가 불분명한 경우 감정평가법인의 감정가액과 상속세 및 증여세법상 보충 평가가 순차 적용된다. 부당행위가 인정되면 본체 법인의 소득금액이 정상 거래 기준으로 재계산되어 추징세액과 가산세가 부과된다. 이 단계까지는 행정 영역에 머무른다.

형사 진입 경계와 임원 배임 위험

조세범처벌법 제3조 제1항은 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈한 자를 2년 이하의 징역 또는 포탈세액 등의 2배 이하 벌금에 처한다. 단서 조항은 가중을 정한다. 포탈세액 등이 3억원 이상이고 신고·납부할 세액의 30% 이상이거나 5억원 이상인 경우 3년 이하의 징역 또는 포탈세액 등의 3배 이하 벌금으로 가중된다.

조세범처벌법 제3조 제6항 — "사기나 그 밖의 부정한 행위"의 법정 정의

2010년 1월 1일 전면개정으로 신설된 제3조 제6항은 "사기나 그 밖의 부정한 행위"를 다음 7가지 행위 중 하나로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로 정의한다. ① 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 ② 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취 ③ 장부와 기록의 파기 ④ 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐 ⑤ 고의적 장부 미작성·미비치 또는 (세금)계산서·합계표의 조작 ⑥ 조세특례제한법 제5조의2제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비 또는 전자세금계산서의 조작 ⑦ 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위.

본 사례에서 매출 배분 구조에 다음 5가지가 결합되면 위 정의의 부정한 행위에 해당하여 조세포탈로 진입한다. 첫째 가공거래(실제 거래 없는데 거래 장부 작성). 둘째 차명거래(타인 명의 이용). 셋째 이중장부 운영. 넷째 허위 세금계산서 발행·수취. 다섯째 거래 사실의 적극적 은폐·조작. 실무에서 매출 배분 구조는 정상 거래 형태로 시작했다가 시간이 지나며 이 5가지 중 하나로 변형되는 경우가 많다.

가중처벌의 이중 임계선 — 조세범처벌법 제3조 단서와 특정범죄가중처벌법 제8조 조세범처벌법 제3조 단서는 포탈세액 3억원·5억원 기준으로 가중처벌(3년 이하·3배 벌금)을 두고, 특정범죄가중처벌법 제8조는 연간 포탈세액 5억원 이상이면 3년 이상의 유기징역과 포탈세액 등의 2배 이상 5배 이하 벌금을 병과하며 10억원 이상이면 무기 또는 5년 이상의 징역으로 가중한다. 중견기업의 매출 배분 사건은 이 두 임계선이 동시에 작용하는 영역으로, 5억원 임계선 직전·직후 사건은 변론 설계가 결과를 크게 바꾼다.

임원의 업무상 배임 위험은 별도로 검토되어야 한다. 본체 법인의 매출이 감면 적용 법인으로 이전되어 본체 법인이 그만큼 손해를 입었다면 형법 제356조 업무상 배임의 구성요건이 채워질 수 있다. 손해 발생 + 임원의 임무 위배 + 본인 또는 제3자 이익 취득이 결합되면 배임이 성립한다. 본체 법인의 임원이 동시에 감면 적용 법인의 주주·임원이면 이익 귀속이 명확해진다. 자금이 사적으로 흘러간 경우 형법 제355조 제1항 횡령이 별도로 문제된다.

STEP 01

세무조사 전 사전 준비

감면 적용 법인의 인적·물적 시설, 의사결정 기록, 자금 흐름, 거래 상대방 인식, 사업 위험 귀속의 5대 실질 입증 자료 정비. 가공거래·차명거래 흔적 사전 차단.

STEP 02

행정 라인 (3단계)

과세전적부심사(사전통지 후 30일) → 이의신청·심사청구·심판청구(처분 후 90일) → 행정소송(조세심판 결정 후 90일). 매출 귀속의 실질 입증이 핵심.

STEP 03

형사 라인 (4단계)

검찰 수사 → 1심 → 2심 → 3심. 부정한 행위 결합 부인 + 적극적 은닉의도 부인 + 임원 선관주의의무 이행 입증의 3중 변론.

STEP 04

통합 변론

행정·형사 진술의 일관성 유지. 행정에서 "실질 귀속은 본체 법인이 아니다" 변론으로 형사 진입 차단. 진술 모순 발생 시 두 절차 모두에서 신뢰가 무너진다.

자주 묻는 질문

관계 법인 간 매출 배분이 모두 위법인가
아니다. 관계 법인이 각자 독립된 사업 주체로 운영되면 매출이 각 법인에 귀속되는 것이 정상이며 합법이다. 위법성은 매출의 실질 귀속자가 명의자와 다를 때 발생한다. 본 가이드의 핵심은 이 경계를 정밀히 보는 것이다.
감면 적용 법인의 실질 사업 주체 여부는 어떻게 판단하는가
대법원 2011두9935 판결이 제시한 종합 판단 원칙을 실무에 적용한 다음 다섯 기준을 검토한다 — 인적·물적 시설의 독립성, 독립된 의사결정, 자금 흐름의 독립성, 거래 상대방의 인식, 사업 위험의 귀속. 다섯 기준 중 다수가 본체 법인에 귀속되면 감면 적용 법인은 도관으로 평가된다.
매출 배분 사건에서 행정 추징과 형사 처벌은 어떤 관계인가
부당행위계산 부인은 행정 영역에 한정되지만, 가공거래·차명거래·이중장부 등 부정한 행위가 결합되면 조세포탈로 형사 영역에 진입한다. 행정에서 인정한 사실관계는 형사에 사실상 출발점으로 작용한다. 따라서 행정 단계부터 형사 가능성을 고려한 진술 전략이 필요하다.
매출 배분 사건의 부과제척기간은 얼마인가
국세기본법 제26조의2에 따라 일반적으로 5년이다. 다만 사기 기타 부정한 행위가 결합되면 10년으로 연장된다. 시한 임박 시점에는 행정·형사 변론의 시간 압박이 동시에 작용한다.
감면 적용이 사후에 부정되면 어떤 추징이 이루어지는가
감면세액 추징 + 이자상당액이 기본이다. 조세특례제한법은 감면 후 일정 기간 내 폐업·자산 처분·임대 등에 대한 사후관리 규정을 두며, 위반 시 별도 추징이 결합된다. 감면 적용 자체가 실질과세 원칙에 의해 부정되면 본세 추징·가산세까지 함께 부과된다.
본체 법인 임원이 동시에 감면 적용 법인의 임원이면 어떤 위험이 있는가
이익 귀속이 명확해져 업무상 배임의 구성요건이 쉽게 채워진다. 본체 법인의 손해와 임원 본인의 감면 법인 이익이 결합되어 배임 위험이 매우 높아진다. 자금이 사적으로 흘러간 경우 횡령이 별도로 문제되며, 두 죄가 함께 적용되면 형량도 가중된다.

매출의 귀속을 결정하는 것은 세금계산서가 아니라 사업의 실질이다. 그 실질을 보지 않으면 행정 추징은 형사 책임으로, 형사 책임은 임원의 자유로 확장된다.

법무법인 화온 · 천재필(사법시험 수석) + 오정환(前 김앤장) + 곽서진(前 국세청) 결합 자문

관계 법인 간 매출 배분 사건은 화온의 결합 자문이 가장 정밀하게 작동하는 영역이다. 곽서진 변호사는 국세청에서 조사 관청의 시각을 갖추었고, 천재필 대표변호사는 사법시험 수석 합격자로 변협 형사 전문등록을 마쳤으며, 오정환 대표변호사는 김앤장에서 기업 자문의 통합 시각을 익혔다. 행정 라인의 실질 귀속 입증, 형사 라인의 부정한 행위 결합 부인, 기업 라인의 배임·횡령 회피가 한 사건에서 동시에 설계되어야 한다. 본 가이드는 화온의 조세형사 클러스터 두 번째 콘텐츠로, 첫 편 부당행위계산 부인 가이드의 자매편이다.

정확한 조문 확인은 국가법령정보센터(law.go.kr)에서 가능하다.

법무법인 화온 · 조세형사 결합 자문

관계 법인 구조의 실질을 함께 설계합니다

前 국세청 · 사법시험 수석 · 前 김앤장 — 3인 결합 자문 · 비밀준수의무

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