세무조사 통지를 받았다면 - 조사 단계별 대응과 범칙조사 전환 신호

세무조사 통지서에서 확인할 세 가지

세무조사 통지서에는 조사 대상 세목과 과세기간, 조사 기간, 그리고 조사 사유가 담긴다. 이 가운데 대응의 방향을 가르는 것은 사유다. 국세기본법 제81조의6은 조사 대상 선정을 정기선정과 수시선정으로 나누는데, 어느 쪽인지에 따라 조사의 강도와 준비의 초점이 달라진다.

수시선정 통지를 받았거나 통지 없이 세무조사가 개시되었다면, 과세관청이 이미 특정 혐의 자료를 쥐고 있다는 뜻이다. 이때는 요구 자료를 기계적으로 제출하기에 앞서 쟁점 거래의 경위와 자금 흐름부터 정리하는 것이 순서다.

과세관청은 통지서를 보내기 전에 이미 본다. 신고 성실도 분석과 과세자료 대사를 거쳐 조사 대상이 선정되기 때문에, 통지서가 도착한 시점에는 관청 쪽 그림이 상당 부분 그려져 있는 경우가 많다. 그래서 초기 대응의 관건은 관청이 무엇을 보고 있는지를 역산하는 일이다. 어떤 자료 대사에서 차이가 났는지, 어느 거래가 쟁점이 될지를 먼저 짚어야 소명의 순서가 잡힌다. 국세청 조사관으로 세무조사 실무를 수행한 변호사의 효용이 바로 이 역산에 있다.

사전통지 20일과 연기 신청

국세기본법 제81조의7은 조사를 시작하기 20일 전까지 납세자에게 세무조사를 사전통지하도록 정하고 있다. 통지 기한은 15일이었다가 2024년 1월 1일 시행된 개정법(법률 제19926호)으로 20일로 늘었다. 심사청구·이의신청의 재조사 결정에 따른 재조사는 7일 전 통지이며, 증거인멸 등의 우려가 있으면 통지 자체가 생략될 수 있다.

세무조사 개시 시 납세자는 납세자권리헌장을 교부받고 조사의 사유와 절차를 설명받는다(제81조의2). 천재지변이나 질병, 장기 출장처럼 조사를 받기 곤란한 사유가 있으면 세무조사 연기를 신청할 수 있다. 관할 세무관서장은 승인 여부와 연기 기간을 조사 개시 전까지 통지해야 하고, 연기 사유가 사라지면 기간 만료 전에도 조사가 다시 시작될 수 있다. 연기는 조사를 피하는 수단이 아니라 준비 시간을 버는 수단이다. 연기 기간에 장부와 증빙을 취합하고 쟁점 거래의 소명 자료를 정리해 두는 쪽이 실익을 가져간다.

조사 중의 방어선 - 기간·범위·장부

조사가 진행되는 동안 과세관청이 지켜야 할 선은 국세기본법이 문서로 정해 두고 있다. 연간 수입금액 100억 원 미만 납세자의 세무조사 기간은 20일 이내가 원칙이고, 기간을 연장하려면 그 사유와 기간을 문서로 통지해야 한다(제81조의8). 다만 명의위장, 이중장부, 차명계좌 이용 같은 방법의 탈루 혐의 조사에는 이 기간 제한이 적용되지 않는다. 조사 범위도 진행 중에 함부로 넓힐 수 없다. 구체적 탈루 혐의가 다른 과세기간이나 세목으로 이어지는 것으로 확인되는 경우 등 법정 사유가 있을 때에만 확대할 수 있고, 이때도 사유와 범위를 문서로 통지할 의무가 따른다(제81조의9).

세무조사는 세목별이 아닌 통합조사가 원칙이고(제81조의11), 장부와 서류를 세무관서로 가져가는 것도 원칙적으로 금지된다(제81조의10). 예외적으로 납세자가 동의한 일시보관만 가능하며, 반환을 요청하면 14일 이내에 돌려주어야 한다. 세무조사 전 과정에서 변호사·공인회계사·세무사를 참여시키고 의견을 진술하게 할 권리도 조문에 명시되어 있다.

이미 끝난 세무조사를 같은 세목·같은 과세기간에 대해 다시 하는 것을 막는 재조사 금지 원칙(제81조의4)은 그중에서도 강력한 방어선이다. 조세탈루를 인정할 만한 명백한 자료가 새로 나온 경우 등 법정 예외에 해당하지 않으면 재조사는 허용되지 않는다. 문서 통지 없는 기간 연장, 통지 없는 범위 확대, 동의 없는 장부 반출이 보이면 권리보호요청으로 조사의 일시중지나 중지를 요구할 수 있고, 납세자보호위원회가 이를 심의한다(제81조의16·제81조의18).

절차가 위법하면 과세도 무너진다

대법원은 절차를 어긴 세무조사에 기초한 과세처분을 반복적으로 취소해 왔다. 조사권 남용을 금지한 국세기본법 제81조의4 제1항이 그 자체로 법규적 효력을 가진다고 선언한 것이 출발점이다.

대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결은 부정한 목적을 위해 개시된 세무조사는 중대한 위법사유가 있는 경우에 해당하고 그에 기초한 과세처분 역시 위법하다고 보았으며, 조사 개시가 적법했다는 점의 증명책임이 과세관청에 있다고 밝혔다. 대법원 2017. 12. 13. 선고 2015두3805 판결은 특정 항목만 조사했더라도 같은 세목·같은 과세기간을 다시 조사하면 금지되는 재조사에 해당한다고 했고, 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결은 재조사로 얻은 자료를 배제하고도 같은 처분이 가능했더라도 그 과세처분은 위법하다고 보았다. 선정 사유가 없는데도 조사 대상으로 선정한 세무조사와 그에 기초한 과세처분을 위법하다고 본 대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결도 같은 줄기에 있다. 나아가 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결은 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 과세처분을 절차상 하자가 중대·명백하여 무효라고 판단했다. 절차 위반은 단순한 흠이 아니라 과세 자체를 무너뜨릴 수 있는 사유이며, 세무조사 중에 위 방어선들을 기록해 두는 일이 결과 단계의 무기가 되는 이유다.

조세범칙조사 전환 신호

일반 세무조사가 조세범칙조사로 전환되는 순간부터 절차의 성격은 형사절차로 바뀐다. 조세범 처벌절차법 제7조는 처벌을 위한 증거 수집이 필요하거나 연간 조세포탈 혐의 금액이 일정 기준 이상이면 범칙조사를 실시하도록 정하고, 조세포탈 사건의 전환은 원칙적으로 조세범칙조사심의위원회의 심의를 거치도록 한다.

전환 전에만 쓸 수 있는 카드가 하나 있다. 조세범칙조사가 개시되기 전이라면, 법정신고기한이 지난 후 2년 이내의 수정신고나 6개월 이내의 기한후신고는 조세범처벌법 제3조 제3항에 따라 형 감경 사유가 되지만, 조사가 시작된 뒤에는 이 감경이 적용되지 않는다. 전환 신호가 보이기 전, 일반 세무조사 단계에서 자진 정정 여부를 검토해야 하는 이유다. 전환 이후의 절차 - 통고처분과 검찰 고발의 갈림길, 심문조서의 증거능력 - 는 자매편 가이드가 단계별로 다룬다.

조사 결과 이후 - 30일의 시간

조사가 끝나면 과세관청은 국세기본법 제81조의12에 따라 조사를 마친 날부터 20일 이내에 결과를 서면으로 통지해야 한다. 이 세무조사 결과통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내가 과세전적부심사 청구 기한이다(제81조의15). 과세가 확정되기 전에 다투는 사전 구제 절차로, 조세범칙사건으로 조사받는 경우 등 법정 사유가 있으면 청구가 배제된다.

다툴 실익이 없다면 조기결정 신청으로 과세를 앞당겨 가산세 부담을 줄이는 선택지도 있다. 반대로 다툰다면 과세전적부심사에서 시작해 이의신청·심판청구·행정소송으로 이어지는 불복 경로를 설계해야 한다. 최근 대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결은 부과제척기간 만료까지 3개월 이하로 임박한 경우에도 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보아, 통지 절차의 무게를 다시 확인했다.

세무조사의 흐름에서 납세자에게 주어진 시간은 네 개의 시계로 압축해 기억할 수 있다. 결과통지 20일처럼 과세관청이 지켜야 할 시계와 달리, 아래 네 개는 납세자가 직접 쥐고 쓰는 시계다.

앞의 세 시계는 조사 중의 방어선을 지키는 시간이고, 마지막 30일은 결과를 다투는 유일한 사전 구제의 시간이다. 네 시계를 달력에 먼저 옮겨 두는 것이 세무조사 대응의 골격이다.

"세무조사는 통지서를 받은 날 이미 절반이 시작된 것과 같습니다. 기간과 범위, 확대 통지처럼 과세관청이 지켜야 할 선을 납세자가 알고 있는지에 따라 조사의 흐름이 달라집니다. 초기에 사실관계와 자료를 정리해 두는 쪽이 결과 통지 이후의 선택지도 넓게 가져갑니다."곽서진 · 법무법인 화온 변호사 (前 국세청 조사관)

자주 묻는 질문